De Academie Gezondheidszorg Utrecht biedt masters van zowel de Universiteit Utrecht als Hogeschool Utrecht. De AGUtrecht bewaakt het onderscheid en de complementariteit tussen deze deeltijdmasters.

De universitaire masters richten zich op wetenschappelijke competenties voor de onderbouwing en innovatie van de zorgpraktijk. De focus ligt dus op onderzoeksvaardigheden, waarbij het gaat om onderzoek dat de praktijk van alledag kan dienen.

Speciaal voor de wetenschappelijke masters zijn binnen het UMC Utrecht hoogleraren fysiotherapiewetenschap en verplegingswetenschap aangesteld. Dat geldt ook voor logopediewetenschap bij de Faculteit Geesteswetenschappen. Dit garandeert een gedegen onderzoeksorganisatie en een permanente 'voeding' met actuele kennis van al het onderwijs op masterniveau.

De Professional Masters zijn de hogeschoolmasters, die zich richten op competenties voor een hoogwaardige en innovatieve praktijkuitvoering. De Professional Masters van de Faculteit Gezondheidszorg hebben een nauwe samenwerking met Kenniscentrum Innovatie van Zorgverlening en met de lectoren van de Faculteit Gezondheidszorg.